L'ASBL a été fondée en 1975 par un groupe de personnes bénévoles désireuses d'offrir un style de vie familial à des personnes adultes ayant un handicap mental. Un foyer situé au centre de Liège accueillait alors un petit groupe de personnes adultes avec un handicap mental. L'encadrement était assuré par des bénévoles résidant dans le foyer, engagés par idéalisme et conviction personnelle.
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Dès 1986, de petits ateliers d'occupation sont créés au sein même de la structure de vie des bénéficiaires sous la responsabilité d’un permanent et de quelques bénévoles. En 1988, le foyer déménage en milieu rural.
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En mars 1995, un deuxième foyer voit le jour. Un nouvel atelier, avec une capacité d'accueil plus importante, est également construit et la demande de reconnaissance introduite après de l'Agence Wallonne pour l'Intégration de la Personne Handicapée (AWIPH) débouche sur un agrément SAJA de 15 personnes, dont trois de la catégorie C.
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En 1999, les deux foyers « Le Murmure » et « L’Espérance » et le SAJA « Le Sénevé » sont regroupés au sein d’une seule et même ASBL « L’Arche Aywaille ».
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En 2014, avec la construction de ses nouveaux foyers, la communauté accueille et héberge 27 personnes en situation de handicap mental réparties sur les 4 foyers d’hébergement.
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En 2016, L'Arche Aywaille ouvre un service résidentiel pour adultes permettant l'accueil et l'hébergement de 13 personnes lourdement handicapées dans son nouveau foyer « le Fil de l'eau », situé à Harzé.
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En 2021, la communauté achète et transforme un immeuble dans le centre d'Aywaille en deux appartements supervisés et un rez-de-chaussée dédié à l'ouverture d'un projet novateur : PAUSE, un bar à soupe, thés, cafés et jus préparés et servis par les personnes avec handicap mental de la communauté.
La communauté d'Aywaille est agréée et partiellement subsidiée par l'AViQ (Agence pour une Vie de Qualité).